Zawodową karierę zaczynał w Rakowie Częstochowa, w którym rozegrał 86 meczów i strzelił 22 bramki. Po trzech latach spędzonych w częstochowskim klubie w styczniu 2011 podpisał trzyipółletni kontrakt z Górnikiem Zabrze[2]. Został wypożyczony do GKS-u Katowice na sezon 2011/2012[3], w ciągu którego dla katowickiego klubu rozegrał 29 meczów i strzelił 7 bramek. Po sezonie gry w Katowicach wrócił do Zabrza, a sezon 2012/2013 spędził jako rezerwowy napastnik. W styczniu 2014 umowa z zabrzańskim klubem została automatycznie przedłużona o kolejne trzy lata[4]. Sezon 2013/2014 był najlepszym sezonem Mateusza Zachary, w którym rozegrał w Ekstraklasie 31 spotkań i z 11 golami był najlepszym strzelcem swojego klubu. W rundzie jesiennej sezonu 2014/2015 strzelił 8 goli, po czym w zimowym oknie transferowym został kupiony przez chiński klub Henan Jianye z którym podpisał trzyletnią umowę[5]. W Chinach rozegrał jeden sezon, na początku następnego nie występował z powodu kontuzji, po czym rozwiązał kontrakt z klubem[6]. 13 czerwca 2016 podpisał roczny kontrakt z Wisłą Kraków[7]. W sezonie 2016/2017 rozegrał w barwach Wisły, 31 meczów, w których strzelił 4 bramki. 20 czerwca 2017 podpisał dwuletni kontrakt z portugalskim klubem CD Tondela[8], ale 14 listopada go rozwiązał za porozumieniem stron[9]. 28 listopada 2017 podpisał kontrakt z pierwszoligowym Rakowem Częstochowa. Od 1 lipca 2019 reprezentował barwy słowackiego klubu FK Pohronie. Wystąpił tam w 14 spotkaniach ligowych, w których zdobył dwie bramki, a po zakończeniu rundy odszedł z klubu do drugoligowego słowackiego FK Železiarne Podbrezová[10]. W styczniu 2021 podpisał kontrakt z bośniackim NK Široki Brijeg[11]. W lipcu 2022 został zawodnikiem MKS Myszków[12].